Στον Παναγροτικό Σύνδεσμο Κύπρου λειτουργούν συνολικά 17 κλαδικές επιτροπές οι οποίες καλύπτουν όλο τον γεωργοκτηνοτροφικό τομέα. Η κάθε κλαδική επιτροπή αποτελείται από τον υπεύθυνο του κλάδου και από αντιπρόσωπούς από κάθε επαρχία.
Με βάση τις κλαδικές ανάγκες η κάθε κλαδική επιτροπή διοργανώνει εξειδικευμένες μελέτες. Αυτές οι μελέτες στοχεύουν στην τεχνολογική αναβάθμιση του κάθε κλάδου και στην ετοιμασία θέσεων που σχετίζονται με τις κυβερνητικές πολιτικές.