Το Ανώτατο όργανο του Παναγροτικού Συνδέσμου είναι το Παγκύπριο Συνέδριο. Το Παγκύπριο Συνέδριο εκλέγει την Εκτελεστική Γραμματεία ( Πρόεδρο, Γενικό Γραμματέα. Γενικό Οργανωτικό Γραμματέα και Γενικό Ταμία ) πλην τους δύο βοηθούς Γραμματείς οι οποίοι εκλέγονται από το Ανώτατο Συμβούλιο και τους ένα μέχρι τρεις αγροτικούς συμβούλους οι οποίοι εκλέγονται από την Αγροτική Επιτροπή.

Το Ανώτατο Συμβούλιο απαρτίζεται από τα μέλη της Αγροτικής Επιτροπής, από το πρόεδρο του Πειθαρχικού Συμβουλίου, από ένα αντιπρόσωπο κάθε Κλαδικής Επιτροπής και από 60 αντιπροσώπους των επαρχιών.

Η Αγροτική Επιτροπή απαρτίζεται από τα μέλη της Εκτελεστικής Γραμματείας και από τις Επαρχιακές Γραμματείες.

Οι αντιπρόσωποι των επαρχιών εκλέγονται από τα Επαρχιακά Συνέδρια καθώς επίσης και η 5μελή Επαρχιακή Γραμματεία και το 20μελές Επαρχιακό Συμβούλιο.

Η Εκτελεστική Γραμματεία καθορίζει τις θέσεις της Οργάνωσης πάνω στα αγροτικά, οικονομικά και πολιτικά προβλήματα. Ο Γενικός Γραμματέας είναι υπεύθυνος για την διοικητική, οικονομική και διαχειριστική λειτουργία του Παναγροτικού.

Ο Πρόεδρος προεδρεύει των συνεδριών των συλλογικών οργάνων και μαζί με τον Γενικό Γραμματέα επιβλέπει την εκτέλεση των αποφάσεων των συλλογικών οργάνων.